E-Rechnung für Apotheken: ZUGFeRD & XRechnung erstellen – auch mit WINAPO 64

Seit 2025 müssen Apotheken E-Rechnungen empfangen können. Ab dem 1. Januar 2027 müssen Apotheken mit mehr als 800.000 € Vorjahresumsatz ihre Rechnungen an andere inländische Unternehmen grundsätzlich als E-Rechnung ausstellen – und das betrifft die meisten Apotheken. Das Problem: Nicht jede Apothekensoftware kann XRechnung oder ZUGFeRD erzeugen. Hier erfahren Sie, welche Ihrer Rechnungen betroffen sind und wie Sie E-Rechnungen erstellen, ohne Ihre Warenwirtschaft zu wechseln.

Müssen Apotheken E-Rechnungen ausstellen?

Ja – für Rechnungen an andere Unternehmen in Deutschland (B2B). Grundlage ist das Wachstumschancengesetz. Es gelten diese Fristen:

• Seit 1. Januar 2025: Alle Apotheken müssen E-Rechnungen empfangen können – zum Beispiel vom Großhandel oder von Dienstleistern.
• Ab 1. Januar 2027: Apotheken mit mehr als 800.000 € Gesamtumsatz im Jahr 2026 müssen B2B-Rechnungen als E-Rechnung ausstellen.
• Ab 1. Januar 2028: Die Übergangsregel endet – die E-Rechnung ist im inländischen B2B-Geschäft unabhängig vom Umsatz Pflicht.

Da der Umsatz einer typischen Apotheke deutlich über 800.000 € liegt, sollten Sie Ihre Rechnungsprozesse jetzt umstellen. Alle Details zu Fristen und Ausnahmen finden Sie im Ratgeber zur E-Rechnungspflicht.

Welche Rechnungen einer Apotheke sind betroffen – und welche nicht?

Die E-Rechnungspflicht gilt nur für Rechnungen an Unternehmen und Einrichtungen in Deutschland. Der Großteil Ihres Tagesgeschäfts mit Patientinnen und Patienten bleibt unverändert.

Betroffen: Ihre B2B-Kunden

• Pflegeheime und Senioreneinrichtungen – etwa für Pflegehilfsmittel, Bedarf der Einrichtung oder Sammelrechnungen im Rahmen der Heimversorgung, soweit die Einrichtung Rechnungsempfänger ist
• Arztpraxen und MVZ – zum Beispiel für Praxisbedarf
• Ambulante Pflegedienste
• Unternehmen – etwa für Erste-Hilfe-Material oder Betriebsbedarf
• Öffentliche Einrichtungen wie Kitas, Schulen oder Kommunen – hier wird meist eine XRechnung mit Leitweg-ID verlangt
• Andere Apotheken

Nicht betroffen

• Rechnungen an Privatpersonen (B2C) – auch Monatsrechnungen an Patientinnen und Patienten, die von Angehörigen oder Betreuern bezahlt werden
• Kassenbons und Kleinbetragsrechnungen bis 250 € brutto
• Rechnungen an Unternehmen, die nicht in Deutschland ansässig sind

Die Rezeptabrechnung mit den Krankenkassen über Ihr Apothekenrechenzentrum ist ein eigener Prozess und nicht Thema dieser Seite. Im Zweifel klären Sie die Einordnung einzelner Rechnungsarten mit Ihrer Steuerberatung.

Wenn die Apothekensoftware keine E-Rechnung erzeugt – z. B. WINAPO 64

Viele Apotheken schreiben ihre B2B-Rechnungen in der Faktura ihrer Warenwirtschaft. Ob daraus eine E-Rechnung entsteht, hängt vom System und von der Version ab. Laut einem Beitrag von CGM LAUER vom Oktober 2026 kann WINAPO ux bereits XRechnungen aus der Faktura erzeugen, ZUGFeRD ist angekündigt. Für Apotheken mit WINAPO 64 verweist der Hersteller dagegen auf externe Lösungen. Apotheken, die nur wenige B2B-Rechnungen schreiben, können diese laut CGM auch unabhängig von WINAPO in einer separaten Rechnungssoftware erstellen (Quelle: CGM).

Genau dafür ist XRechnungs.de gemacht: Sie behalten Ihre Apothekensoftware für Kasse, Warenwirtschaft und Rezepte und erstellen nur die B2B-Rechnungen, die eine E-Rechnung brauchen, in XRechnungs.de. Dafür gibt es zwei Wege.

Hinweis: XRechnungs.de ist eine unabhängige Software und keine offizielle Integration von CGM. WINAPO ist eine Marke der CompuGroup Medical. Welche Funktionen Ihre Apothekensoftware bietet, erfahren Sie verbindlich bei Ihrem Softwareanbieter.

Weg 1: Faktura-PDF in ZUGFeRD oder XRechnung umwandeln

Wenn Ihre Software Rechnungen nur als PDF ausgibt, wandeln Sie diese mit dem PDF-zu-XRechnung- und ZUGFeRD-Konverter um:

1. PDF exportieren: Speichern Sie die Rechnung aus Ihrer Faktura als PDF. Digital erzeugte PDFs werden deutlich besser erkannt als Scans.
2. Hochladen und erkennen lassen: Die Texterkennung (OCR) liest Empfänger, Datum, Positionen, Steuersätze und Beträge aus.
3. Prüfen und ergänzen: Kontrollieren Sie alle Felder und ergänzen Sie fehlende Pflichtangaben, etwa die Leitweg-ID bei öffentlichen Auftraggebern.
4. Format wählen und validieren: ZUGFeRD oder XRechnung – die Datei wird nach EN 16931 erzeugt und geprüft.
5. Versenden: Per E-Mail oder herunterladen und über den gewohnten Weg an den Empfänger senden.

Dieser Weg eignet sich, wenn Sie nur wenige B2B-Rechnungen im Monat schreiben. Eine ausführliche Anleitung finden Sie im Ratgeber PDF in ZUGFeRD umwandeln.

Weg 2: B2B-Rechnungen direkt in XRechnungs.de erstellen

Bei regelmäßigen Rechnungen an Heime, Praxen oder Pflegedienste ist es einfacher, die Rechnung gleich als E-Rechnung zu schreiben:

• Kunden und Artikel per CSV importieren: Legen Sie Ihre Heime, Praxen und häufig berechneten Artikel einmal an.
• Lieferscheine und Sammelrechnungen: Erfassen Sie Lieferungen laufend als Lieferschein und fassen Sie diese am Monatsende mit einem Klick zu einer Sammelrechnung zusammen.
• Mehrere Steuersätze: Positionen mit unterschiedlichen Umsatzsteuersätzen auf einer Rechnung.
• Felder für Einrichtungen und Behörden: Leitweg-ID, Bestellnummer und Ansprechpartner des Empfängers.
• Gutschriften, Stornos und Zahlungserinnerungen direkt in der Software.
• Mehrere Mitarbeitende und Filialen: Eigene Zugänge für Ihr Team und mehrere Firmen in einem Konto.

XRechnung oder ZUGFeRD – welches Format für wen?

• ZUGFeRD: PDF mit eingebetteten XML-Daten. Ideal für Pflegeheime, Praxen und Unternehmen – der Empfänger sieht eine gewohnte PDF-Rechnung, sein System liest die Daten automatisch.
• XRechnung: reine XML-Datei. Wird von vielen öffentlichen Einrichtungen verlangt, meist zusammen mit einer Leitweg-ID.

Fragen Sie Ihre B2B-Kunden am besten vorab, welches Format sie bevorzugen. Mehr dazu im Beitrag ZUGFeRD-Rechnung.

Buchhaltung und Archiv: DATEV-Anbindung und GoBD

Die meisten Apotheken arbeiten mit einer Steuerberatung, die DATEV nutzt. XRechnungs.de überträgt Ihre ausgestellten Rechnungen direkt an DATEV Unternehmen online – ohne Umweg über E-Mail oder USB-Stick.

E-Rechnungen müssen im Originalformat, also inklusive XML, unveränderbar und GoBD-konform aufbewahrt werden. XRechnungs.de archiviert Ihre Rechnungen revisionssicher. Sie können alle Rechnungen jederzeit exportieren – auch nach einer Kündigung.

Datenschutz: Patientendaten auf Rechnungen

Rechnungen an Heime können Namen von Bewohnerinnen und Bewohnern oder Angaben zu Arzneimitteln enthalten – also besonders schützenswerte Gesundheitsdaten. Als Apotheke unterliegen Sie zudem der beruflichen Schweigepflicht. Deshalb:

• Nehmen Sie nur die Angaben in die Rechnung auf, die für die Abrechnung tatsächlich erforderlich sind.
• XRechnungs.de speichert Ihre Daten in Rechenzentren in Deutschland und stellt einen Vertrag zur Auftragsverarbeitung (AVV) bereit.
• Stimmen Sie den Einsatz einer externen Rechnungssoftware vorab mit Ihrer bzw. Ihrem Datenschutzbeauftragten ab – insbesondere im Hinblick auf die Schweigepflicht.

E-Rechnungen empfangen: Großhandel, Dienstleister, Lieferanten

Seit 2025 erhalten Apotheken immer mehr E-Rechnungen. Eine XRechnung ist eine reine XML-Datei, die sich ohne passende Software kaum lesen lässt. Mit dem kostenlosen XRechnung-Viewer öffnen Sie eingehende E-Rechnungen ohne Konto. Zusätzlich kann XRechnungs.de E-Rechnungen über das Peppol-Netzwerk senden und empfangen.

Checkliste: So ist Ihre Apotheke bis zum 1. Januar 2027 bereit

1. Umsatz 2026 einschätzen: Liegen Sie über 800.000 €, gilt die Pflicht ab 2027.
2. B2B-Kunden auflisten: Heime, Praxen, Pflegedienste, Unternehmen, öffentliche Einrichtungen.
3. Beim Softwareanbieter klären, ob Ihre Faktura XRechnung oder ZUGFeRD erzeugt.
4. Falls nicht: Lösung wählen – PDF umwandeln oder Rechnungen direkt als E-Rechnung schreiben.
5. Bei öffentlichen Einrichtungen die Leitweg-ID erfragen.
6. Archivierung und Übergabe an die Steuerberatung festlegen.
7. Datenschutz mit Ihrer bzw. Ihrem Datenschutzbeauftragten abstimmen.

Häufige Fragen (FAQ)

Ab wann müssen Apotheken E-Rechnungen ausstellen?

Apotheken mit mehr als 800.000 € Vorjahresumsatz müssen B2B-Rechnungen ab dem 1. Januar 2027 als E-Rechnung ausstellen, alle übrigen ab dem 1. Januar 2028. Empfangen müssen alle Apotheken E-Rechnungen bereits seit 2025.

Brauchen Rechnungen an Patienten eine E-Rechnung?

Nein. Rechnungen an Privatpersonen (B2C) sind von der E-Rechnungspflicht ausgenommen, ebenso Kleinbetragsrechnungen bis 250 €. Betroffen sind Rechnungen an Unternehmen und Einrichtungen in Deutschland, etwa an Pflegeheime, Arztpraxen oder Pflegedienste.

Kann WINAPO 64 E-Rechnungen erstellen?

Laut CGM LAUER (Stand Oktober 2026) gibt es für WINAPO 64 keine integrierte E-Rechnung; der Hersteller verweist auf externe Lösungen. WINAPO ux erzeugt dagegen bereits XRechnungen. Verbindliche Auskunft gibt Ihr CGM-Ansprechpartner.

Muss ich meine Apothekensoftware wechseln?

Nein. Sie können Ihre Warenwirtschaft behalten und nur die B2B-Rechnungen in XRechnungs.de erstellen oder deren PDFs in ZUGFeRD bzw. XRechnung umwandeln.

Welches Format brauche ich für Pflegeheime und Arztpraxen?

Meist ZUGFeRD, weil der Empfänger ein lesbares PDF mit eingebetteten Daten erhält. Öffentliche Einrichtungen verlangen häufig eine XRechnung mit Leitweg-ID.

Kann ich die E-Rechnungen an DATEV übergeben?

Ja. XRechnungs.de überträgt ausgestellte Rechnungen direkt an DATEV Unternehmen online, sodass Ihre Steuerberatung sie weiterverarbeiten kann.

Was kostet XRechnungs.de?

Die Tarife sind monatlich kündbar und starten bei 12 € im Monat. Sie können XRechnungs.de 14 Tage kostenlos mit bis zu 50 Dokumenten testen, ohne Kreditkarte. Alle Details auf der Preisseite.

Fazit: E-Rechnung in der Apotheke – ohne Softwarewechsel

Für die meisten Apotheken wird die E-Rechnung im B2B-Geschäft ab 2027 Pflicht. Kann Ihre Apothekensoftware keine XRechnung oder ZUGFeRD erzeugen, müssen Sie nicht wechseln: Wandeln Sie Ihre Faktura-PDFs um oder schreiben Sie Rechnungen an Heime, Praxen und Pflegedienste direkt als E-Rechnung – mit DATEV-Anbindung und GoBD-Archiv.

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